我国开展转基因生物安全评价，遵循国际公认的理念和原则。主要原则有：（1）科学原则。对转基因生物及其产品的评价应建立在科学、客观的基础上，充分应用现代科学技术的研究手段和成果对转基因生物及其产品进行科学检测、分析和评价，并接受科学界的同行评议。（2）个案评价原则。转基因生物的安全性因受基因供体、基因受体、基因操作方法、用途和应用环境等不同而不同。因此，应当对每一种转基因生物逐个进行安全性评价，最大限度地发现安全隐患，保障安全。（3）分阶段原则。转基因生物研发和安全评价分步开展，试验获得的相关数据和安全评价信息可作为下一步安全评价的基础。随着生物技术的进步和发展，以及生物安全研究的逐步深入，对转基因生物认识的不断深入，安全评价方法和技术也会不断改进和提高。（4）熟悉原则。了解某一转基因生物的目标性状、生物学、生态学和释放环境、预期效果等背景信息，对与之相类似的转基因生物就具有了安全性评价的经验，可以通过已经积累的经验来指导新产品的开发。（5）比较分析原则。以非转基因生物为参照物，对转基因生物进行安全性评价。如果转基因生物在分子特征、环境安全和食用安全方面与对应的非转基因生物无实质性差异，可以认为该转基因生物与非转基因生物是同样安全的。
我国转基因生物安全评价主要包括分子特征、环境安全风险和食用安全风险3个方面内容。分子特征主要评价外源基因整合及表达的稳定性，目标性状表现的稳定性，转基因作物世代之间外源基因整合与表达情况是否带来安全风险。食用安全主要评价外源基因及表达产物在可能的毒性、过敏性、营养成分、抗营养成分等方面是否符合法律法规和标准的要求，是否会带来安全风险。环境安全主要评价转基因生物在生存竞争能力、基因漂移、生物多样性和对靶标害虫抗性风险等方面是否带来安全风险。
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